Con un cast composto da oltre 22 personaggi giocabili, il primo Marvel: Ultimate Alliance permette ai giocatori di creare il proprio team di eroi scegliendoli nell'Universo Marvel o di ricreare i propri eroi preferiti gią esistenti, come gli Avengers, X-Men, i Fantastici Quattro e altri.
Ambientato all'interno dei grandi eventi del fumetto Marvel Comics Civil War, Marvel: Ultimate Alliance 2 immerge i giocatori nel combattimento a favore o contro il cattivo Superhuman Registration Act.