Mentre Desmond contempla l'evanescente messaggio lasciato dal Soggetto 16 nella sua cella, Lucy, macchiata di sangue, entra e gli ordina di rientrare nell'Animus. Qui il protagonista assiste alla nascita di un bambino, Ezio, nell'Italia del Rinascimento, prima di essere estromesso bruscamente. I due fuggono dall'edificio dell'Abstergo e si rifugiano in un nascondiglio segreto dove li attendono due membri della confraternita degli Assassini: lo storico Shaun Hastings e l'esperta di computer Rebecca Crane. Lucy ritiene che i Templari non siano l'unica minaccia per l'umanità, e che la chiave per svelare la verità sia un giovane nobile fiorentino.
