Ambientato nel XXVI secolo, il gioco ruota attorno alle sorti di tre razze che si combattono per il dominio di un lontano settore della Via Lattea: i Terrestri, umani esiliati in passato dalla Terra, con la capacità di adattarsi ad ogni situazione; gli Zerg, una razza di insettoidi all'inseguimento della perfezione genetica e ossessionati dall'assimilazione con le altre razze; e i Protoss, una razza umanoide con tecnologie avanzate ed abilità psichiche che tentano di proteggere la loro specie dagli attacchi degli Zerg.
L'ordine ufficiale delle campagne nell'espansione è: Protoss, Terrestri, Zerg. Con la morte dell'Unica Mente, Kerrigan è divenuta libera e padrona del proprio destino. Riesce a convincere i Protoss ad allearsi con lei, in quanto gli Zerg superstiti stanno cercando di rigenerare l'Unica Mente, che la renderebbe di nuovo mentalmente schiava. In seguito Kerrigan si rivela inaffidabile e la collaborazione viene interrotta, ma il suo aiuto è stato comunque utile: i Protoss riescono a recuperare due antichi cristalli Xel'naga e a spazzare via gli Zerg dal pianeta Shakuras grazie al loro potere.
