In Yakuza 6, Kazuma Kiryu scoprirà esattamente quante persone sono disposte a sacrificarsi per la famiglia - siano quelle con legami di sangue o meno - quando indaga su una serie di eventi oscuri che coinvolgono proprio coloro più vicini al suo cuore.
Fresco di una condanna di tre anni, un vecchio Kiryu, è venuto a scoprire che sua figlia, Haruka, è scomparsa dall'orfanotrofio. A rendere le cose ancora peggiori per Kiryu è il fatto che Haruka ha ora un figlio di cui lui deve prendersi cura. Con un bambino tra le braccia, Kiryu si reca alla città balneare di Onomichi, per scoprire la verità su Haruka, suo figlio e un segreto terribile che la yakuza di Hiroshima sta nascondendo.