Anno 2014. Dopo gli eventi narrati in Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, il mondo è adesso gestito da un immenso sistema informatico chiamato Sons of the Patriots. Tutti i soldati del mondo hanno nel loro corpo nanomacchine che gestiscono le loro emozioni, i loro gesti e forniscono loro l'addestramento e le informazioni adeguate. La maggior parte di loro sono altresì arruolati non in eserciti regolari ma in schieramenti privati, denominati CMP (Compagnie Militari Private).
