Primavera 1964. In piena guerra fredda un aereo dell'esercito statunitense sorvola lo spazio aereo sovietico con a bordo alcuni membri dell'unità FOX, tra i quali Naked Snake, Major Zero e Para-Medic. Scopo dell'operazione "Missione Virtuosa" è il salvataggio dello scienziato Nikolai Stepanovich Sokolov: questi infatti era riuscito a progettare e costruire un carro armato potentissimo, lo "Shagohod", in grado di lanciare, da qualsiasi terreno e posizione, missili nucleari dall'Unione Sovietica contro gli Stati Uniti. Inorridito dalla sua stessa creazione, però, Sokolov riparò negli Stati Uniti senza terminare il progetto. A questo punto, la trama di fantasia si intreccia con la realtà storica: si viene quindi a sapere che i sovietici hanno dislocato diverse testate nucleari a Cuba, un paese loro alleato. La crisi dei missili venne poi superata non tanto con l'accordo dello smantellamento delle testate sovietiche nell'isola e di quelle statunitensi in Turchia, quanto con la restituzione di Sokolov, che ora bisogna nuovamente recuperare.