Football Manager 2016 contiene una vasta serie di miglioramenti e ampliamenti sulla rodata base dell'edizione 2015 grazie all'evoluzione del Match Engine e altro. Sarà possibile personalizzare completamente il proprio manager, modificare ampiamente le squadre, sfruttare altre possibilità di gestione con una simulazione più realistica dei trasferimenti, degli infortuni e della situazione dei vari giocatori, oltre ad ottenere analisi più approfondite in base ad una raccolta dati più dettagliata.