Beyond Eyes racconta la storia di Rae, una ragazzina rimasta cieca dopo un incidente, che sfrutta gli altri sensi per visualizzare il mondo intorno a lei. Rae non ama i luoghi affollati e i rumori troppo forti; per questo non lascia quasi mai la sua casa.
Purtroppo le cose cambiano quando sparisce Nani, la sua gatta pertanto la protagonista è costretta a partire alla ricerca della sua amica, affrontando pericoli di ogni sorta per riunirsi a lei.