Le vicende di Revelations hanno inizio poco dopo la fine dei fatti di Assassin's Creed: Brotherhood. Gli Assassini, sollevati per aver recuperato la Mela nascosta sotto il Colosseo, sono comunque sconvolti dall'inspiegabile uccisione di Lucy per mano di Desmond. Dopo averla pugnalata contro la propria volontà, mosso probabilmente dall'entità della Prima Civilizzazione nota come Giunone, il giovane crolla a terra svenuto.