È trascorso un mese da quando Altair ha ucciso Al Mualim, Maestro degli Assassini. Divenuto di fatto il nuovo capo spirituale degli Assassini, Altair scopre che i Templari sopravvissuti si sono ritirati sull'isola di Cipro, dopo che Re Riccardo ha fatto imprigionare l'imperatore Isacco Comneno e venduto l'isola ai Templari, che ora sono sotto la guida di Armand Bouchart, nuovo Gran Maestro dell'ordine.
