In The Twin Snakes vengono modificate la grafica e il gameplay dell'originale Metal Gear Solid, inserendo elementi da Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, tra cui visuali di mira in prima persona e la funzionalità di sospensione. Sono state mantenute tutte le aree del gioco originale, così come i nemici, ed è stata introdotta la modalità di fuoco in prima persona. È stata anche migliorata l'intelligenza artificiale del gioco e ora le guardie nemiche cooperano in modo intelligente fra di loro alla ricerca di Snake. Per contro alcuni aspetti dell'originale PS1 sono stati mantenuti quasi inalterati (i personaggi nelle conversazioni via codec).
