Nel 1830 gli adoratori del caos stanno cercando di risvegliare Dracula: Morris Baldwin, cacciatore di vampiri, si precipita al castello insieme ai suoi apprendisti, Nathan Graves e Hugh Baldwin. Ma purtroppo i tre arrivano tardi, il rito per far risorgere Dracula è già iniziato. Dracula, grazie ad un incantesimo, fa sprofondare il pavimento e fa precipitare i due giovani, lasciando il solo Morris ad affrontare il conte: nei panni di Nathan dovremo esplorare il castello e raggiungere il suo maestro per aiutarlo contro l'oscuro signore dei morti e i suoi servi.
Mare di Bering, anno 2005. L'ex agente speciale Solid Snake della FOX-HOUND viene prelevato con la forza dalla sua casa in Alaska e messo in contatto con il colonnello Roy Campbell: dovrà svolgere una missione nell'impianto di smaltimento di testate nucleari sull'isola di Shadow Moses, nell'arcipelago delle isole Fox. L'impianto è stato occupato da terroristi guidati dagli attuali membri dell'unità FOX-HOUND capeggiati da Liquid Snake: come Solid Snake nota in una fotografia, le sue fattezze e quelle di Liquid sono praticamente identiche.
