Tutto ha inizio quando 4000 anni fa un ricercatore in Kenya trova uno Zohar,
una lastra dai poteri misteriosi. Dopo questo inizio gli eventi si spostano ai giorni d'oggi dove la popolazione galattica è spaventata dagli Gnosis; (alieni dagli incredibili poteri che risucchiano la vita degli esseri viventi) per contrastarli l'organizzazione Venom ha creato una laboratorio di ricerca per formare degli androidi in grado di sconfiggerli.
A capo di questa ricerca troviamo la protagonista del primo capitolo Shion
che insieme al suo gruppo riuscirono a creare KOS-MOS.
Col tempo si scopre che 14 anni fa uno scienziato Joachim Mizrhi aveva riprodotto altri 12 Zohar ed era riuscito ad attivare la "Song of Nephilim" (una canzone) che ha avuto il potere di mandare nel caos la popolazione e a richiamare gli Gnosis. Prima di lasciare questo mondo ha inserito in un suo prototipo robot (di nome MOMO) tutti i dati delle sue ricerche. Infatti si dice che riunendo tutti gli Zohar e con una chiave (che risiede nella memoria di MOMO) si possa risvegliare un essere potentissimo (chiamato U-DO) in grado di dare enormi poteri. Ed ovviamente dove c'è potere troviamo anche un organizzazione malvagia (di nome U-TIC) che cercherà in ogni modo di impossessarsi degli Zohar e di MOMO; uno dei suoi esponenti è Margulis
Tra il team dei buoni troviamo: Shion, KOS-MOS, Chaos, MOMO, Ziggy, Jr (Rubedo), Allen ed altri. Mentre la persona più pericolosa e folle del gioco è Albedo (un prototipo A.M.R.T.V. la parte malvagia di Jr.) in grado di sconfiggere gli Gnosis e di rigenerarsi, e brama di impossessarsi del potere di U-DO.
Il primo capitolo termina quando il nostro gruppo si salva per miracolo da Albedo ed all'impatto della navicella contro il pianeta, quindi con ancora tutta la trama in piedi.
I video censurati si riferiscono proprio alla pazzia di Albedo, sono riuscito a trovare il video più censurato di tutto il gioco (anche se quello non censurato non era certo rosa e fiori):
http://www.youtube.com/watch?v=e_oHxm8TYu0&feature=related