Quando inizi a scaricare i file torrent, questi vengono messi nella cartella dei file temporanei, e da lì non li muovi. Una volta che il download è terminato, i file vengono automaticamente spostati dalla cartella dei file temporanei alla cartella dei file completati: è in questa cartella che non dovrai eliminare/spostare i tuoi download.
Avrai notato che nella pagina principale di utorrent, in alto a sinistra, ci sono varie voci: Downloading, Completed, Active...
Nella sottocartella Completed, noterai che ci sono tutti i tuoi download con a fianco il simbolino della freccetta verde verso l'alto. Signifca che hanno finito il dowload, ma non l'upload, ovvero, ciò che gli altri stanno scaricando da te. Anche in questo caso, non devi eliminare i file, almeno fino a quando non noterai che non c'è più upload: significa che la maggior parte delle persone ha già scaricato da te quel file, che ormai non può più "fruttare" niente. In parole povere, tu ti devi limitare a scaricare i file, al resto pensa tutto il programma.
Ovviamente, le varie cartelle di destinazione dei download possono essere controllate e cambiate dal menù opzioni, nel modo che ti sembra più comodo.