Ciao.
Secondo me il modo migliore per guadagnare molte sfere virtù in poco tempo è affrontare la prima Missione di Grado S quella che si riferisce ai burattini (ti fa guadagnare 1.000 ryo).
Se anche non dovessi passarla per via del tempo limite ti rimangono le sfere virtù (sempre ammesso che non muori in missione), comunque affrontandola con 1 solo personaggio guadagni 1.500 ryo (molto utile per acquistare tutto il Negozio e l'espansioni delle Lamine).
Comunque quella è la missione più facile/veloce che ti fa guadagnare contemporaneamente molti soldi e sfere virtù.