La trama è ambientata nel 2183, quando le razze allora dominanti nella galassia dovevano tutta la loro tecnologia a dei manufatti alieni scoperti su Marte, appartenenti ad una specie estinta misteriosamente 50000 anni prima, detti Prothean, grazie a questa tecnologia fu possibile il salto interstellare tramite i portali galattici lasciati dai Prothean, così che l'economia universale fosse espansa oltremondo. La storia parte quando la Normandy, una nave prototipo detta Normandy e il suo equipaggio dell'alleanza, unione umana(non ai vertici dei poteri, ma solo un alleato del vero consiglio supremo, rappresentato da un'Asari, un Turian e un Salarian), riceve una richiesta di soccorsoda un gruppo mandato su un pianeta colonizzato, la nave ha come capitano Anders e come suo vice Shepard, che nella storia del suo personaggio è diventato famoso dopo essere stato l'unico soppravvissuto all'attacco ai danni di una colonia. Shepard stesso con un membro della Normandy e il sottoufficiale Kaidan, mentre uno spettro Turian(gli spettri sono le più alte cariche date ai soldati, hanno via libera per tutto il sistema controllato dall'alleanza e sono l'ultima nonché migliore risorsa del consiglio) li precederà andando ad esplorare per primo l'area, scendono sul pianeta per indagare, qui troveranno un esercito Geth(droni senzienti costruiti dai Quarian che si sono ribellati e ne hanno conquistato il pianeta rendendo di fatto i Quarian una razza senza pianeta che ora sopravvive in un'immensa orbita di 10000 navi spaziali vaganti per lo spazio), Geth che stanno spazzando via tutti gli abitanti, a quanto pare alla ricerca di una sonda Prothean appena scoperta. Qui trovano il soldato Ashley mentre viene attaccata dai Geth, essa è l'ultima sopravvissuta della spedizione e si unirà a Shepard e Kaidan per indagare sulla sonda, intanto lo spettro Turian più avanti incontra un altro famoso spettro, Saren, essi sono amici, per questo lo spettro non dubita di Saren, che invece è a capo dell'esercito Geth, quindi questo lo uccide di soppiatto e svela di essere anche lui nel pianeta per la sonda, per non si sa quale motivo. Shepard e il suo gruppo scopriranno la cosa grazue ad un testimone, alla fine troveranno la sonda prima che essa venga caricata nella nave di Saren, un'enorme fortezza di dimensioni bibliche mai vista finora, chiamata Sovereign, comunque Saren riuscirà ad assorbirne le informazioni. A quaesto punto mentre Ashley si avvcina alla sonda, essa all'improvviso parte e inizia ad attirarla a sé, Shepard si frappone e viene colpito, andando in coma per 3 giorni. Risvegliatosi sulla Normandy scoprirà di aver avuto una visione, ma il consiglio non accetterà questa storia, né tantomeno lo promuoverà a spettro(la precedente missione era anche una prova) e soprattutto non crederà alla ribellione di Saren, così nella cittatella Shepard e il suo gruppo cercheranno le prove, a partire da un Turian di nome Garrus che lui stesso nutriva dubbi sulla veridicità di Saren, tanto che si unirà al gruppo, stessa storia per Wrex, un Krogan mercenario ingaggiato per uccidere un personaggio piuttosto famoso dei bassifondi della cittadella, il caso vuole che questo personaggio sia agli ordini di Saren per l'eliminazione di una Quarian, Tali, che a quanto pare ha crackato una frequenza in cui Saren ammetterebbe di aver tradito il consiglio, così anche Krogan si ucise al gruppo e in una ricerca al limite del tempo riescono a fermare l'assassinio di Tali, che oltre a dimostrare la colpevolezza di Saren, si unisce al gruppo. Ora Shepard viene promosso a spettro e diventa il comandante della Normandy. Ma in tutto questo l'alleanza non crede alla visione di Shepard, che racconta di un pericolo molto più grande di Saren, infatti la visione parla del ritorno dei Razziatori, enormi esseri meccanici che a quanto pare hanno sterminato l'intera civiltà Prothean, ma la cosa non può essere dimostrata, visto anche che a quanto pare con Sare si sia alleata una Matriarca asari(le Asari superati i 1000 di vita diventano matriarche, la massima carica che le permette un accesso politico e spirituale da parte di chi ne ha bisogno per consiglio). A quanto pare la figlia, Liara T'soni è dispersa, così il gruppo si reca nella nebulosa in cui sembra sia sparita, riuscendo a trovarla, Liara non sa niente del fatto della madre, e si unisce al gruppo(ultimo membro reclutabile), poiché molto esperta di tecnologia Prothean e capace di poter vedere le visioni di Shepard. Così l'equipaggio parte verso una colonia di cui si sono persi i contatti, per poi scoprire che Saren aveva scoperto una razza aliena appartenente alle piante capace di soggiogare le persone, Shepard riuscirà quindi a sconfiggerla e a salvare la colonia, per poi scoprire gli ultimi movimenti di Saren, ovvero un pianeta commerciale dove a quanto pare un Salarian, uno dei principali esponenti economici, gli forniva supporto economico e bellico, per trovarne le prove Shepard si avventura verso la base installata fuori dalla città, dove scoprirà che si stavano eliminando tutte le prove della collaborazione, persone incluse, e che la Matriarca asari era presente lì di persona, poiché c'era stata un'incredibile scoperta, un uovo di Racni(una razza insettoide, anni prima ci fu una battaglia sanguinosa vista la loro intraprendenza, tanto che vennero chiamati alle armi un sacco di Krogan che risolsero il conflitto, ma che si dimostrarono anche pericolosi, così i Salarian progettarono la Genofagia, una variazione genetica che impediva la riproduzione di massa dei Krogan, capaci di essere molto fertili, e creando una crisi da questi stessi). Giunti dalla stanza principale, si scopre che il Racni è una regina, così che c'è la possibilità che essi si possano ripoloare dopo l'estinzione momentanea, qui la Matriarca svela la sua storia e parte un feroce combattimento contro Shepard, finché all'improvviso essa cambia atteggiamento, rivelando di essersi messa tra i ranghi di Saren per fermare la cosa dall'interno, ma Saren aveva un'arma ben più potente, la Sovereing, che a sua volta era un Razziatore, capace di soggiogare chiunque, a quanto pare anche Saren stesso, e che deve assolutamente essere fermato visto che la Sovereing vuole la distruzione di tutte le speci, per poi morire tra le braccia di Liara, mentre intanto si può decidere se salvare o meno la regina Racni, che ci assicura non farà gli errori passati e che vuole solo ricreare la sua razza, in caso positivo sarà nostra alleata nella battaglia finale di ME3. Così si scopre che Saren è su Virmire, da cui arriva un messaggio indecifrato di soccorso, qui Shepard entrerà in azione per poi scoprire che Saren è realmente sul pianeta e che c'è un'altra sona, per questo inizia una corsa contro il tempo per raggiungere la sonda prima di Saren, qui Shepard si alleerà con il plotone Salarian, che ha in mente di piazzare una bomba usando il motore di una nave riprogrammato per spazzare i Geth dalla zona e, cosa più importante, per impedire che il laboratorio rimanga intatto, infatti, Saren stava studiando una cura contro la genofagia, per poter avere un esercito personale di sanguinari Krogan, questo farà infuriare Wrex, che non è d'accordo con Shepard e i Salarian, se si avrà un'alta dose di carisma allora si potrà convincere Wrex che Saren non opera a fin di bene, ma solo per i suoi scopi. Qui bisognerà dividersi in due squadre, tra cui un tenente del proprio team che si unisca al gruppo salarian che farà da diversivo per permettere a Shepard e alla sua unità ombra di inflitrarsi nella base, la scelta ricade fra Aslhey e Kaidan, al momento non è importante, ma dopo si rivelerà fondamentale. Mentre il diversvio è in atto, Shepard arriva alla seconda sonda, dove ha un dialogo con la Sovereing in persona, qui ci spiega che vuole annientarci tutti e che la tecnologia Prothean è stata lasciata dai Razziatori per permettere la rinascita tecnologica e quindi una nuova era da poter distruggere. La bomba viene portata, ma il membro della squadra nel gruppo Salarian è in difficoltà, così ci verrà chiesto aiuto, lasciando l'altro alla bomba, che a sua volta verrà attaccato, così saremo costretti ad una scelta difficile che comporterà o la morte di Kaidan o quella di Ashley. Fatta una scelta e arrivati al luogo del soccorso, ci sarà un faccia a faccia con Saren, che ci spiegherà che si è assogettato di sua volontà alla Soverein per impedirle di ucciderci tutti, e che se ci arrenderemo ci farà sopravvivere, chiaro segno che lui stesso ha perso il controllo, Shepard glielof a notare, e per un attimo dubita, fino ad uno scontro momentaneo che finirà con la sua fuga e la nostra, mentre vedremo dallo spazio l'enorme esplosione della bomba e la tragica morte di uno dei nostri membri. Qui potremo finalmente avere la locazione finale di Saren, che si troverà in un antico pianeta Prothean, ma il consiglio non ci ascolterà di nuovo sulla minaccia dei Razziatori, e ci bloccherà nella cittadella, finché Anders stesso ci aiuterà a fuggire e dirigerci verso il pianeta. Arrivati nel sistema staremo attaccati alle impronte di Saren, che a quanto parte vuole usare un antico manufatto nel pianeta. Mentre lo seguiamo, all'improvisso la strada ci viene sbarrata, escluso un solo passaggio, in cui troveremo un'IA di nome Vigil, IA Prothean creata per la protezione di essi durante l'invasione dei Razziatori, infatti i prothean non poterono contrastarli poiché essi tagliarono tutte le comunicazioni, per questo andarono in questo pianeta sperduto i migliori scienziati dell'epoca e usarono il criosonno per attendere la scomparsa dei Razziatori, così essi scoprirono che tutti i portali galattici erano in realtà dei passaggi per i Razziatori confinati in uno spazio oscuro, e nel pianeta ce n'era proprio uno che portava dritto all'alleanza, e Saren voleva usarlo.