La storia narrata dal gioco ha luogo nel 1986, e vede il protagonista, tale Ryo, deciso a vendicare la morte del padre, caduto vittima di una vendetta. Ryo attraverserą, nel primo capitolo di ShenMue la regione cinese di Yokosuka, raccogliendo indizi e cercando tutte le tracce dell'individuo chiamato Sou, responsabile della morte del padre.
