La storia narrata dal gioco ha luogo nel 1986, e vede il protagonista, tale Ryo, deciso a vendicare la morte del padre, caduto vittima di una vendetta. Ryo attraverserā, nel primo capitolo di ShenMue la regione cinese di Yokosuka, raccogliendo indizi e cercando tutte le tracce dell'individuo chiamato Sou, responsabile della morte del padre.
Black/Matrix č un RPG pieno di grandi battaglie e sequenze filmate. La battaglia tra gli angeli e demoni č finita con la vittoria di questi ultimi, che hanno preso il comando del mondo. Il compito del giocatore sarā quello di ristabilire la giustizia.
