L'interazione con l'ambiente è un altro fattore che sottolinea quanto sia importante la libertà all'interno di Deus Ex: durante tutto il corso dell'avventura potremo (e in certi casi dovremo) raccogliere decine e decine di oggetti, interagire con tantissimi macchinari e parlare con almeno un centinaio di personaggi non giocanti. Questi ultimi rappresentano un altro degli aspetti da Gioco di Ruolo che il titolo Eidos Iteractive inserisce nel contesto principale per rendere la sua struttura ancora più approfondita
In Deus Ex non bisogna soltanto correre e sparare (anzi si valorizza la circospezione come nel capolavoro targato Konami) ma anche, e soprattutto, parlare con le tantissime persone che incontreremo sulla nostra strada, acquisire informazioni, indizi e spunti per giungere alla risoluzione di enigmi non sempre a portata di vista. Per rappresentare in forma "giocata" una struttura così varia si è scelto di utilizzare un'interfaccia in stile First Person Shooter (sparatutto in prima persona) e un motore, quello del primo Unreal su PC, più che mai adatto a rappresentare gli spazi enormi in cui ci troveremo ad agire
Oltre al nostro arsenale e al semplice movimento in tre dimensioni dovremo preoccuparci di gestire anche altri aspetti come lo stato dei potenziamenti impiantati nel nostro corpo, modificabili lungo il corso dell'avventura e particolarmente utili in certe operazioni (per esempio, un impianto cibernetico nell'occhio abiliterà alla completa visione notturna)