Visto il successo, dopo poco si cominciò necessariamente a parlare di un seguito, da principio battezzato semplicemente “Deus Ex 2”, ma fu molto presto chiaro che un semplice numero non avrebbe reso giustizia a quello che prometteva di essere l'ancor più degno successore di un capolavoro: venne pertanto scelto il titolo “Deus Ex Invisibile War”, e il motivo è presto detto...
Sono passati vent'anni dalle vicende che hanno avuto per protagonista il bio-cyborg J.C. Denton, e l'umanità ha ormai ripreso il suo tran-tran, ma sotto un'apparenza pacifica continuano a esistere numerose fazioni che cospirano l'una contro l'altra in una guerra invisibile: enti governativi più o meno corrotti, movimenti idealistici, congreghe criminali, eccetera. Il/la protagonista (a vostra scelta) della storia è un/a giovane cadetto/a di nome Alex D., che a sua insaputa è un bio-cyborg di ultimissima generazione: i suo guai cominciano il giorno in cui prima a Chicago, da cui fugge, e poi a Seattle, in cui si era rifugiato/a, le sedi della sua accademia vengono attaccate da forze rivoluzionarie. Dopo la sua seconda fuga dovrà cominciare a venire a patti con la sua natura sovraumana, cercare di farsi degli amici e degli alleati, fino a scegliere una fazione a cui associarsi e svolgere certe missioni piuttosto che altre.
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